Ich war vor kurzem auf der Suche nach einer Möglichkeit wie ich unter Linux nahezu verlustfrei von MKV nach MP4 konvertieren kann. Anbei ein Code-Snippet wie man das anstellen könne.
$ ffmpeg -i "Pfad\input.mkv" -c copy -map 0:v -map 0:a -map 0:s -map 0:t -map_metadata 0:g "Pfad\output.mp4"
Und bei AC3 mit 5.1 Ton:
$ ffmpeg -i "Pfad\input.mp4" -c copy -map 0:v -map 0:s -map 0:t -map_metadata 0:g -acodec ac3 -vn -threads 8 -ac 6 -f ac3 -ab 448k "Pfad\ouput.mp4"